Direkt Mutasyon Analiz Teknikleri Hafta IX PCR Temelli Genetik Analiz Yaklaşımları Direkt Mutasyon Analiz Teknikleri Doç. Dr. Hilâl Özdağ
Bir sonraki aşama DNA dizi analizidir. 1. SSCP, HA, DHPLC, TGCE benzeri bir teknikle saptadığınız ve incelediğiniz DNA fragmentinde konformasyonel değişime neden olan dizi değişiminin ne olduğunu ortaya çıkarmak, 2. İncelediğiniz DNA fragmentini bir indirekt yöntemle analiz etmeden doğrudan dizi bazında değerlendirmek, 3. Klonlamak üzere hazırladığınız DNA fragmentine klonlama öncesi aşamalarda (PCR) hatalı bir baz girip girmediğinden emin olmak için Bir sonraki aşama DNA dizi analizidir.
DNA DİZİ ANALİZİ
DİZİ HİZALAMA Elde edilen dizilerin analizini yapmak sonuçları referans dizi ile kıyaslayarak hizalamak demektir. Beckman; Sequence investigator ABI; eski versiyon Sequence Navigator, yeni versiyon Seqscape Bütün platformlara uygun Sequencher www.genecodes.com
PCR TEMELLİ MUTASYON ANALİZ YÖNTEMLERİ MUTASYONU ÖNCEDEN BİLİYOR VE YENİ BİR ÖRNEK GRUBUNDA VARLIĞINI SORGULAMAK İSTİYORSANIZ RFLP ( Restriction Fragment Length Polymorphism) ASA (Allele Specific Amplification) Primer Extension
PCR TEMELLİ MUTASYON ANALİZ YÖNTEMLERİ RFLP Yabanıl Tip Allel AGATCT TCTAGA RE kesim bölgesi Mutant allel AGAGCT TCTCGA RE bölgesi kaybolmuş
PCR TEMELLİ MUTASYON ANALİZ YÖNTEMLERİ ASA
Primere bir nt eklenmesi Primer Extension: Saptama: Floresans Bağlanma: Primere bir nt eklenmesi Uzama:
Primer Extension: