RadioRead Medical Text Mining on Turkish Radiology Reports

Team Members Esra Zeynep Abacıoğlu Kerem Hadımlı Çiğdem Okuyucu Makbule Gülçin Özsoy İpek Tatlı

Support Sponsor Company Assistant Advisor Tepe Teknoloji Umut Eroğul Meltem Turhan Yöndem

Outline Problem Definition & Project Aim Architecture Our Current Position Our Difference Conclusion

Problem Definition Contents of radiology reports Acquiring meaningful data

Project Aim Accessing more detail of patients Giving more information to doctors in consultations Deriving statistics Querying accumulated information

Architecture

Architecture

Architecture Sağda 6 mm çapında kistik, solda ise areola arkasında 6x3 mm boyutlarında solid kitleler vardır.

Architecture Sağda 6 mm çapında kistik, solda ise areola arkasında ^^^^ ignored&removed 6x3 mm boyutlarında solid kitleler vardır.

Architecture Sağda 6 mm çapında kistik, solda areola arkasında 6x3 mm boyutlarında solid kitleler vardır. ^^^^^ predicate Predicate Meaning Existency: Existant Normality: Unspecified

Architecture Sağda 6 mm çapında kistik, solda areola arkasında ^^^^ ^^^^^^^^^^ ^^^^ ^^^^^^^^^^^^ L/M L/M L/M L/M 6x3 mm boyutlarında solid kitleler vardır. ^^^^^^^^^^^^^^^^ ^^^^^ L/M predicate L/M: Location/Measurement Group

Architecture Sağda 6 mm çapında kistik, solda areola arkasında ^^^^ ^^^^^^^^^^ ^^^^ ^^^^ ^^^^^^^^^^^^ L/M L/M W/Q L/M L/M 6x3 mm boyutlarında solid kitleler vardır. ^^^^^^^^^^^^^^^^ ^^^^^^ ^^^^^ L/M W/Q predicate W/Q: What/Quality Group L/M: Location/Measurement Group

Architecture Sağda 6 mm çapında kistik, solda areola arkasında ^^^^ ^^^^^^^^^^ ^^^^ ^^^^ ^^^^^^^^^^^^ L/M L/M W/Q L/M L/M 6x3 mm boyutlarında solid kitleler vardır. ^^^^^^^^^^^^^^^^ ^^^^^^ ^^^^^ L/M W/Q predicate Compound What/Quality Group: kistik, solid kitleler (1) (2)

Architecture Sağda 6 mm çapında kistik, solda areola arkasında ^^^^ ^^^^^^^^^^ ^^^^ ^^^^ ^^^^^^^^^^^^ L/M L/M W/Q L/M L/M 6x3 mm boyutlarında solid kitleler vardır. ^^^^^^^^^^^^^^^^ ^^^^^^ ^^^^^ L/M W/Q predicate Compound What/Quality Group: kistik, solid kitleler Separated Findings: Finding1: kistik kitleler Finding2: solid kitleler

Architecture Sağda 6 mm çapında kistik, solda areola arkasında ^^^^ ^^^^^^^^^^ ^^^^ ^^^^ ^^^^^^^^^^^^ L/M L/M W/Q L/M L/M 6x3 mm boyutlarında solid kitleler vardır. ^^^^^^^^^^^^^^^^ ^^^^^^ ^^^^^ L/M W/Q predicate Compound What/Quality Group: kistik, solid kitleler Separated Findings: Finding1: kistik kitleler L: Sağ M: 6 mm “çap” Finding2: solid kitleler L: Sol L: Aerola arkası M: 6x3 mm “boyut”

Our Difference Secure Retrieves ALL information Authentication & Authorization Retrieves ALL information Querying of accumulated information In a user friendly way

Security Different access rights for different people User is identified at login

Security (Login screen)

Retrieves all information Classical AI methods Find IMPORTANT points But find ONLY important points Good for sparse information But information within radiology reports are DENSE Rule based methods

Retrieves all information Rule based methods ÖZOFAGOGRAFİ TETKİKİ Bulgular: Özofagusun kontur, pasaj ve peristaltizmi ile mukozal rölyefi normaldir. Özofagus distal 1/3 kesiminde tersiyer kontraksiyonlar izlenmiştir. Gastroözofagiyal bileşke normal olup hiyatal herni izlenmemiştir. Pilor, duodenal bulbus ve ans normaldir. İşlem sırasında gastroözofagiyal reflü izlenmemiştir. Sonuç: Özofagus distal 1/3 kesiminde tersiyer kontraksiyonlar.

Querying Information In native language Generated sentences based on user input User sees what s/he is about to query WYSIWYM: What You See Is What You Mean

Querying Information

Our Current Position Rules and well-defined algorithms for extracting information Turkish Noun Phrase Parser Parts of Report Mining Engine

Conclusion

Thanks for listening Any questions? Contact sbayazilim@yahoogroups.com