Prostat Kanseri Teşhisinde Veri Madenciliği Yöntemlerinin Başırım Karşılaştırması Dr. Sait Can Yücebaş Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi, Bilgisayar.

... konulu sunumlar: "Prostat Kanseri Teşhisinde Veri Madenciliği Yöntemlerinin Başırım Karşılaştırması Dr. Sait Can Yücebaş Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi, Bilgisayar."— Sunum transkripti:

1 Prostat Kanseri Teşhisinde Veri Madenciliği Yöntemlerinin Başırım Karşılaştırması
Dr. Sait Can Yücebaş Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi, Bilgisayar Mühendisliği Bölümü, Çanakkale

2 Bu çalışma, Çanakkale Onsekiz Mart
Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Koordinasyon Birimince Desteklenmiştir. Proje Numarası: FBA ”

3 Sunum Akışı Giriş Motivasyon Materyal Yöntem Bulgular

4 Giriş Tıp – Sağlık alanı veri madenciliğinin odak noktalarından biri
Çok sayıda veri Çok boyutlu veri Erken teşhis ve Teşhis Tedavi Planlama İlaç Etkileşimi Hatırlatıcı-Uyarıcı Sistemler [2-3]

5 Giriş Çok boyutlu, çok miktarda veri => Genetik
İnsan Genom Projesi => Gen – Hastalık İlişkisi Kanser Türleri Zihinsel – Ruhsal Hastalıklar Diyabetik Hastalıklar Kalıtımsal Hastalıklar

6 Giriş Bütünsel Genom İlişkilendirme Çalışmaları (GWAS)
Gen – Hastalık İlişkisi Tekli nükleotid polimorfizmleri (SNP) DNA varyasyonuna neden olan tek bir nükleotidin değişimmi Değişen nükleotidler = Aleller

7

8 Motivasyon Genotip + Fenotip Bilgileri Başarım Karşılaştırması
K En Yakın Komşu (tembel öğrenme) Karar Ağacı (özyineleme) Naïve Bayes (olasılıksal model) Destek Vektör Makinası (doğrusal olmayan)

9 “Çok Etnikli Prostat Kanseri”
Materyal NCBI dbGaP “Çok Etnikli Prostat Kanseri” 1260 kişi (628 sağlıklı, 632 hasta) Afro Amearikan =358 Japon =227 Latin = 675 Her birey için SNP ve 20 adet fenotip

10 Yöntem – Veri Ön İşleme Temsili SNP alt kümesi PLINK = 22.848
Metu – SNP = 2710 Fenotip Elemesi Sadece hastalar için var olan özellikler Eksik bilgi oranı %40 ve fazla olan fenotipler =12 Fenotip

11 bmi_cat Beden Kitle İndeksi fh_prca pa_cat packyrs_ca ethanol_ca
Aile Hikayesi pa_cat Günlük Fiziksel Aktivite packyrs_ca Günlük içilen sigara miktarı X içilen yıl ethanol_ca Günlük alınan alkol miktarı

12 d_lyco_cat Gümlük likopen alımı p_fat_cat Günlük alınan yağ miktarı d_calc_cat Günlük kalsiyum alımı currsmoke Şu anki sigara kullanımı eversDecisiımoke Hiç sigara içip içmediği

13 Başarım Karşılaştırması
Uygulama Aracı = RapidMiner 5.3 Performans Kriterleri => 10 Katmanlı Çapraz Geçerlilik Testi

14 K-En Yakın Komşu K = [3 – 5], K =3

15 Naïve Bayes

16 Karar Ağacı Quinlan’ ın ID3 Ayrım Kriteri = Bilgi Kazancı Oranı
Dallanma İçin min. Boyut= 4 Min. Yaprak Boyutu = 2

17

18 Destek Vektör Makinası
Çekirdek = RBF C =10 Gamma = 0.001

19

20 Karşılaştırmalı Sonuçlar

21 Bulgular

22 ETNİK KÖKEN AFRO AMERİKAN JAPON Fenotip Dallanma Genotip Dallanma

23 Bulgular Beden Kitle indeksi (çok düşük veya çok büyük)
BMI<22,5 => Hasta [56,57,58] Ailede prostat kanseri hikayesi [59] Gün içinde içilen sigara miktarı [60,61]

24 Bulgular 41 adet ilişkili SNP regulomeDB ENSEMBL
24 adet SNP (genetik varyasyon) ENSEMBL 17 adet SNP (hastalıkla ilişkili)

25 rs11790106 =>ATP2B2 geni => enerji üretimi ve kalsiyum taşıması
Rs =>ARL9 geni => ATP/GTP =>AGBL4 => ATP/GTP Tüm bu genler IGF1=> insüline bağlı gelişim BMI ile ilişkili olabilir

26 Teşekkürler

27 Referanslar C.Yücebaş and Y. Aydın Son (March 20, 2014). “A Prostate Cancer Model build by a Novel SVM-ID3 Hybrid Feature Selection Method using both genotyping and phenotype data from dbGaP”. DOI: /journal.pone Coiera, E., (2003). Clinical Decision Support Systems: Guide to Health Informatics. CRC Press. Arnold, London. Sen, A., et al., (2012). Clinical Decision Support: Converging toward an Itegrated Architecture. J Biomed Inform. 45(5):1009–1017

28 Edward Giovannucci, et al
Edward Giovannucci, et al.. (2003) Body Mass Index and Risk of Prostate Cancer in U.S. Health Professionals. JNCI J Natl Cancer Inst. 95(16): Cao Y, Ma J. (2011) Body Mass Index, Prostate Cancer-Specific Mortality, and Biochemical Recurrence: A Systematic Review and Meta-Analysis. Cancer Prev Res (Phila).4(4): Rodriguez C, et al.. (2001) Body Mass Index, Height, and Prostate Cancer Mortality In Two Large Cohorts of Adult Men In The United States. Cancer Epidemiol Biomarkers Prev. 10(4): Gary D, et al.. (2006) Family History and The Risk Of Prostate Cancer. The Prostate. 17(4):337–347 Lora A. Plaskon, et al.. (2003) Cigarette Smoking and Risk of Prostate Cancer in Middle-Aged Men. Cancer Epidemiol Biomarkers Prev. 12: Steven S. Coughlin, et al. (1995) Cigarette Smoking as a Predictor of Death from Prostate Cancer in 348,874 Men Screened for the Multiple Risk Factor Intervention Trial. American Journal of Epidemiology. 143(10):