PCR Temelli Genetik Analiz Yaklaşımları

... konulu sunumlar: "PCR Temelli Genetik Analiz Yaklaşımları"— Sunum transkripti:

1 PCR Temelli Genetik Analiz Yaklaşımları
Hafta XI PCR Temelli Genetik Analiz Yaklaşımları DNA FRAGMENT ANALİZİ Doç. Dr. Hilâl Özdağ

2 DNA FRAGMENT ANALİZİ STR/SSR/Microsatellit Analizi
Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) Loss of Heterozygosity (LOH) MI (Microsatellite Instability) SNP Genotipleme

3 DNA FRAGMENT ANALİZİ Boy tayini Agaroz jel elektroforezi Agaroz
NuSieve Metaphor Poliakrilamid jel elektrofezi Kapiller elektroforez Genetik analizör (Otomatik DNA Dizi Analiz Sistemi) Qiagen Egene Agilent Bioanalyzer

4 DNA FRAGMENT ANALİZİ Boy tayini Agaroz jel elektroforezi Agaroz
NuSieve Metaphor Johnson N et al, BMC Med Gen., 2004, 5

5 DNA FRAGMENT ANALİZİ Boy tayini Agaroz jel elektroforezi/PAGE

6 DNA FRAGMENT ANALİZİ Boy tayini PAGE
ANALYTICAL BIOCHEMISTRY 253, 130–132 (1997)

7 DNA FRAGMENT ANALİZİ Kapiller Elektroforez Genetik Analizör

8 DNA FRAGMENT ANALİZİ Kapiller Elektroforez Genetik Analizör
STR/Microsatellite Analysis RFLP/AFLP/TRFLP

9 DNA FRAGMENT ANALİZİ 10pleks

10 DNA FRAGMENT ANALİZİ Fragment boylarının tespiti

11 DNA FRAGMENT ANALİZİ Elektroferogramların karşılaştırılması

12 DNA FRAGMENT ANALİZİ L O H Heterozigot PCR

13 DNA FRAGMENT ANALİZİ L O H

14 DNA FRAGMENT ANALİZİ QIAxcel/EGene
0.5 kb’den küçük fragmentler için 3-5 bç’ine dek ayırım sağlar. Hazır kapiller kartuşlarının içindeki polimerin içinde çok düşük konsantrasyonda EtBr bulunmaktadır. Aynı anda 96 örneğe kadar analizi gerçekleştirmek mümkündür. Sistemde RNA analizi yapmak da mümkündür. %2 agaroz

15 DNA FRAGMENT ANALİZİ Agilent/Bioanalyzer

16 DNA FRAGMENT ANALİZİ Agilent/Bioanalyzer