Direkt Mutasyon Analiz Teknikleri

... konulu sunumlar: "Direkt Mutasyon Analiz Teknikleri"— Sunum transkripti:

1 Direkt Mutasyon Analiz Teknikleri
Hafta IX PCR Temelli Genetik Analiz Yaklaşımları Direkt Mutasyon Analiz Teknikleri Doç. Dr. Hilâl Özdağ

2 Bir sonraki aşama DNA dizi analizidir.
1. SSCP, HA, DHPLC, TGCE benzeri bir teknikle saptadığınız ve incelediğiniz DNA fragmentinde konformasyonel değişime neden olan dizi değişiminin ne olduğunu ortaya çıkarmak, 2. İncelediğiniz DNA fragmentini bir indirekt yöntemle analiz etmeden doğrudan dizi bazında değerlendirmek, 3. Klonlamak üzere hazırladığınız DNA fragmentine klonlama öncesi aşamalarda (PCR) hatalı bir baz girip girmediğinden emin olmak için Bir sonraki aşama DNA dizi analizidir.

3 DNA DİZİ ANALİZİ

4 DİZİ HİZALAMA Elde edilen dizilerin analizini yapmak sonuçları referans dizi ile kıyaslayarak hizalamak demektir. Beckman; Sequence investigator ABI; eski versiyon Sequence Navigator, yeni versiyon Seqscape Bütün platformlara uygun Sequencher

5 PCR TEMELLİ MUTASYON ANALİZ YÖNTEMLERİ
MUTASYONU ÖNCEDEN BİLİYOR VE YENİ BİR ÖRNEK GRUBUNDA VARLIĞINI SORGULAMAK İSTİYORSANIZ RFLP ( Restriction Fragment Length Polymorphism) ASA (Allele Specific Amplification) Primer Extension

6 PCR TEMELLİ MUTASYON ANALİZ YÖNTEMLERİ
RFLP Yabanıl Tip Allel AGATCT TCTAGA RE kesim bölgesi Mutant allel AGAGCT TCTCGA RE bölgesi kaybolmuş

7 PCR TEMELLİ MUTASYON ANALİZ YÖNTEMLERİ
ASA

8 Primere bir nt eklenmesi
Primer Extension: Saptama: Floresans Bağlanma: Primere bir nt eklenmesi Uzama:

9 Primer Extension: