RadioRead Medical Text Mining on Turkish Radiology Reports

... konulu sunumlar: "RadioRead Medical Text Mining on Turkish Radiology Reports"— Sunum transkripti:

1 RadioRead Medical Text Mining on Turkish Radiology Reports

2 Team Members Esra Zeynep Abacıoğlu Kerem Hadımlı Çiğdem Okuyucu
Makbule Gülçin Özsoy İpek Tatlı

3 Support Sponsor Company Assistant Advisor Tepe Teknoloji Umut Eroğul
Meltem Turhan Yöndem

4 Outline Problem Definition & Project Aim Architecture
Our Current Position Our Difference Conclusion

5 Problem Definition Contents of radiology reports
Acquiring meaningful data

6 Project Aim Accessing more detail of patients
Giving more information to doctors in consultations Deriving statistics Querying accumulated information

7 Architecture

8 Architecture

9 Architecture Sağda 6 mm çapında kistik, solda ise areola arkasında
6x3 mm boyutlarında solid kitleler vardır.

10 Architecture Sağda 6 mm çapında kistik, solda ise areola arkasında
^^^^ ignored&removed 6x3 mm boyutlarında solid kitleler vardır.

11 Architecture Sağda 6 mm çapında kistik, solda areola arkasında
6x3 mm boyutlarında solid kitleler vardır. ^^^^^ predicate Predicate Meaning Existency: Existant Normality: Unspecified

12 Architecture Sağda 6 mm çapında kistik, solda areola arkasında
^^^^ ^^^^^^^^^^ ^^^^ ^^^^^^^^^^^^ L/M L/M L/M L/M 6x3 mm boyutlarında solid kitleler vardır. ^^^^^^^^^^^^^^^^ ^^^^^ L/M predicate L/M: Location/Measurement Group

13 Architecture Sağda 6 mm çapında kistik, solda areola arkasında
^^^^ ^^^^^^^^^^ ^^^^ ^^^^ ^^^^^^^^^^^^ L/M L/M W/Q L/M L/M 6x3 mm boyutlarında solid kitleler vardır. ^^^^^^^^^^^^^^^^ ^^^^^^ ^^^^^ L/M W/Q predicate W/Q: What/Quality Group L/M: Location/Measurement Group

14 Architecture Sağda 6 mm çapında kistik, solda areola arkasında
^^^^ ^^^^^^^^^^ ^^^^ ^^^^ ^^^^^^^^^^^^ L/M L/M W/Q L/M L/M 6x3 mm boyutlarında solid kitleler vardır. ^^^^^^^^^^^^^^^^ ^^^^^^ ^^^^^ L/M W/Q predicate Compound What/Quality Group: kistik, solid kitleler (1) (2)

15 Architecture Sağda 6 mm çapında kistik, solda areola arkasında
^^^^ ^^^^^^^^^^ ^^^^ ^^^^ ^^^^^^^^^^^^ L/M L/M W/Q L/M L/M 6x3 mm boyutlarında solid kitleler vardır. ^^^^^^^^^^^^^^^^ ^^^^^^ ^^^^^ L/M W/Q predicate Compound What/Quality Group: kistik, solid kitleler Separated Findings: Finding1: kistik kitleler Finding2: solid kitleler

16 Architecture Sağda 6 mm çapında kistik, solda areola arkasında
^^^^ ^^^^^^^^^^ ^^^^ ^^^^ ^^^^^^^^^^^^ L/M L/M W/Q L/M L/M 6x3 mm boyutlarında solid kitleler vardır. ^^^^^^^^^^^^^^^^ ^^^^^^ ^^^^^ L/M W/Q predicate Compound What/Quality Group: kistik, solid kitleler Separated Findings: Finding1: kistik kitleler L: Sağ M: 6 mm “çap” Finding2: solid kitleler L: Sol L: Aerola arkası M: 6x3 mm “boyut”

17 Our Difference Secure Retrieves ALL information
Authentication & Authorization Retrieves ALL information Querying of accumulated information In a user friendly way

18 Security Different access rights for different people
User is identified at login

19 Security (Login screen)

20 Retrieves all information
Classical AI methods Find IMPORTANT points But find ONLY important points Good for sparse information But information within radiology reports are DENSE Rule based methods

21 Retrieves all information
Rule based methods ÖZOFAGOGRAFİ TETKİKİ Bulgular: Özofagusun kontur, pasaj ve peristaltizmi ile mukozal rölyefi normaldir. Özofagus distal 1/3 kesiminde tersiyer kontraksiyonlar izlenmiştir. Gastroözofagiyal bileşke normal olup hiyatal herni izlenmemiştir. Pilor, duodenal bulbus ve ans normaldir. İşlem sırasında gastroözofagiyal reflü izlenmemiştir. Sonuç: Özofagus distal 1/3 kesiminde tersiyer kontraksiyonlar.

22 Querying Information In native language
Generated sentences based on user input User sees what s/he is about to query WYSIWYM: What You See Is What You Mean

23 Querying Information

24 Our Current Position Rules and well-defined algorithms for extracting information Turkish Noun Phrase Parser Parts of Report Mining Engine

25 Conclusion

26 Thanks for listening Any questions? Contact