PCR Temelli Genetik Analiz Yaklaşımları

... konulu sunumlar: "PCR Temelli Genetik Analiz Yaklaşımları"— Sunum transkripti:

1 PCR Temelli Genetik Analiz Yaklaşımları
Hafta XIII PCR Temelli Genetik Analiz Yaklaşımları EŞ ZAMANLI PCR Prof. Dr. Hilâl Özdağ

2 Son nokta tespitindeki eksiklikler (End point detection)
Düşük hassasiyet Düşük çözünülürlük Otomasyon eksikliği Yalnızca boy belirlenebilmesi Sonuçların rakamsal olarak ifade edilmemesi EtBr ile boyamanın nicelik belirlemede etkin olmaması PCR sonrası işleme devam gereği (agaroz jel elektroforezi)

3 Eş zamanlı PCR Geleneksel PCR’a Karşı

4 Geometrik artış fazı/ Plato etkisi

5 Örnekler arası miktar farkının gözlendiği aşama

6 Eş Zamanlı PCR Sistemleri

7 Eş zamanlı PCR’da saptama yöntemleri
Çift zincirli DNA’ya bağlanan boyalar (SYBR Green; LC Green) Hidroliz probları (Taqman probları) Hibridizasyon probları

8 SYBR Green

9 SYBR Green

10 Hidroliz Probları

11 Hidroliz Probları

12 Hibridizasyon Probları

13 Gen ifadesinin bağıl olarak ölçümü

14 Gen ifadesinin bağıl olarak ölçümü

15 Referans/Standart Gen Zorunlu İdare Genleri (Housekeeping Genes)
Her dokuda hücre hayatiyetini temin için mutlak suretle ifadelenen genlerdir. İfade düzeylerinin doku/hücreler arası değişmediği düşünülmektedir.

16 Zorunlu İdare Genleri Her Dokuda Eş Düzeyde mi İfadelenir?
Vandesompele J ve ark, 2002, Genome Biology, 3: 7

17 Gen ifadesinin bağıl olarak ölçümü
E= 10-1/slope

18 Erime Eğrisi (Melting Curve)
Roche “PCR Applications Manual”

19 Erime Eğrisi ile Genotipleme
Roche “PCR Applications Manual”

20 Erime Eğrisi ile Genotipleme
Roche “PCR Applications Manual”