Mikrodelesyon Sendromları Prenatal Tarama. Prof Dr. Sermet Sağol EÜTF Kadın Hastalıkları ve Doğum AD

Sequencing (genome-exome) 6 milyar baz çifti (Kromozom 50 -250 milyon bp) 25.000-27.000 gen Karyotip FISH, MLPA 1966-1968, Tr 21 1970-1975, G- Banding 5-10 milyon bp Microarray CGH 1990, FISH > 50 Kb MLPA qPCR 2003, Array CGH < 1 Kb Sequencing Sequencing (genome-exome) 1 bp

Karyotip normal saptanan olgularda array-CGH sonuçları ( Klinik önemi olan CNV %75 < 10Mb) Gerçek oran ? USG Yapısal Anomali Fiorentino % 6.1 Rosenfeld /Shaffer % 6.6 Schwartz % 5.7 NICHD % 6.0 Normal USG 95% CI Anne Yaşı N=1966 34 ( % 1.7 ) 1.2 – 2.4 Pozitif Tarama N=729 12 ( %1.6 ) 0.9 – 2.9 Wapner RJ, N Engl J Med 2012.

Array-CGH ve NGS 2015

Mikrodelesyon ve Mikroduplikasyon Sendromları 318 90 2015 Mikrodelesyon (211) veya mikroduplikasyon (79) sendromu. % 1.2 fetus / yenidoğan. ( neurodevelopmental ve ciddi özürlülük).

Mikrodelesyon Sendromları Fenotip Genotip 1980 2000 Zihinsel engelli ( %1-3) Otizm ( 1 /45) Motor mental gelişimde gecikme Epilepsi Şizofreni Hipotoni İUGR Makrosefali, Mikrosefali Kraniosinostozis Ventrikülomegali Korpus kallosum agenezi DWM KPK Katarak Kardiyak malformasyonlar TOF İnterrupted aortik ark Truncus arteriozus Dismorfik görünüm Polidaktili, sindaktili Yarık damak/dudak Timus hipoplazisi Polihidroamnios Pes ekinovarus Hipertelörizm Hipokalsemi

Sık karşılaşılan mikrodelesyonlar 2,6Mb 6 Mb 5.1 Mb 3.8 Mb 4.2 Mb 7.9 Mb 9 Mb cfDNA-2013 Kardiyak anomaliler 22q11.2 /DiGeorge 1p36 deletion Angelman Prader-Willi Cri-du-chat Majority of cases are caused by de novo deletions, but some can be inherited (point mutations, undiagnosed parents, translocations). 1. Segmental duplications (chromosome specific low-copy repeats) are responsible for recurrent microdeletions (22q, Angelman, PW). When recombination occurs between homologous chromosomes these duplicon regions don’t always line up exactly and del/dups can occur 2.  Terminal deletions (cri du chat, wolf-hirshhorn, phelan-mcdermid) are 60-90% of the time paternal in origin, meaning occur on the paternally inherited copy, not that they are passed down from father) because of increased # of divisions in sperm versus egg (more divisions = more chance of error.) Terminal ends are most likely to be lost. 3.  FYI 1p36 is exception and is is more often maternally inherited chromosome (60% of the time) 4. Terminal deletions – most often happen in sperm, one extra cycle of meiosis in sperm (# of cell divisions in sperm compared to eggs) Ultrasonda gözden kaçabilir

Mikro Delesyon /Duplikasyon Sendromik Olmayan Mikro Delesyon /Duplikasyon 16p11.2 Otizm 0.55Mb 1q21.1 ID, mikrosefali, kardiyak anomali, katarak 0.8Mb 16p13.11 Otizm, ID, ve şizofreni

100.000 canlı doğumda sıklık T21 1/600 22q 1/1000-1/4000 CF 1/2500 T18 1/3000 T13 1/5000 FRAX 1/5000 1p36 1/5000 SMA 1/6000-1/10000 Angelman 1/12000-1/20000 PWS Cri-Du-Chat 1/20000-1/50000 Nussbaum et al 2007. Thompson and Thompson Genetics in Medicine. http://www.genetests.org. http://ncbi.nlm.nih.gov

Genç anne gebeliklerinde Down sendromundan daha sık. Mikrodelesyonlar Genç anne gebeliklerinde Down sendromundan daha sık. Down Sendromu Risk of T21 increases with maternal age. Risk of Microdeletions is consistent across all ages and younger women have a higher risk of a microdel than T21 b/c microdels are so common Makes it appropriate to screen in all pregnancies, both high and low risk Mikrodelesyon Maternal Age 1Snijders, et al. Ultrasound Obstet Gynecol 1999;13:167–170. 2Combined prevalence using higher end of published ranges from Gross et. al., Prenatal Diagnosis 2011..

cfDNA Tarama Testlerinde Mikrodelesyonların taranması Prevalans çok düşük Yanlış pozitiflik yüksek PPV düşük Klinik validasyon çalışmaları yetersiz. Klavuzlarda öneri yok. Aile bilgilendirmesi önemli ! Del/dupl farklı özellikleri Maternal delesyon Yapısal olarak normal gebeliklerin %1-1.7’sinde klinik anlamı olan mikro del/dupl mevcut. Sıklık maternal yaştan bağımsız. Kümülatif sıklık; 5 en sık microdelesyon sendromu 1/1000 cfDNA testler sonucu daha az gebeye invaziv girişim ve aCGH uygulanmakta. Erken tanı ve tedavi mortalite/morbiditeyi azaltacaktır. Bu sorunları yakalamak için tarama yapılmalı.

PPV Sık karşılaşılan Trizomi ve Mikrodelesyonların (35 yaşındaki gebede sıklık değerlendirilmiştir.) Yanlış pozitif oranı % 0.1 PPV

175 393 olgu , 2013-2014, Mikrodelesyon , 55 % 0.03 32 DG Sendr % 0,02. Doğrulanan 23 olgu 9 Fetal, 14 Maternal ve fetal komponent

21.948 gebe % 0.43, 95 test pozitif Diagnostik test 61 ( % 64.2) 11 ( %18) doğrulanmış gerçek pozitif % 82 (n:50) yanlış pozitif, PPV % 18.

cfDNA tarama testleri klinik çalışmalar DG sendromu cfDNA tarama testleri klinik çalışmalar

469 maternal plazma (Next-generation Aneuploidy Test, SNPs algoritm) 6 mikrodelesyon pozitif, (3 olgu 22q11.2 deletions, 2 olgu 5p deletions, 1 olgu 1p36 deletion), 352 normal gebelik, 111 artificial DNA mixtures (PlasmArts). 352 normal gebe plazma örneği %6.4 (23) kalite kontrolu negatif yanıt yok

3.5 milyon okuma, 56 /78 sensitivite % 71.8 10 milyon okuma, ( > 1Mb ), 69 / 73 sensitivite % 94.5 Yanlış pozitif % 3.8 55 yanlış pozitif olgunun, 35’inde delesyon/duplikasyon maternal genomdan kaynaklanmakta. PNAS, 2015

99 negatif (CNVs<1Mb veya CNVs yok) NIPT 4 yanlış pozitif 117 olgu (CMA mevcut), cfDNA ( MPS ) mikrodelesyon taraması uygulanmış. 99 negatif (CNVs<1Mb veya CNVs yok) NIPT 4 yanlış pozitif 18 CMA pozitif (CNVs≥1Mb) 11 CNVs > 5MB 10 olgu NIPT pozitif, sensitivite % 90.9 7 CNVs < 5 MB 1 olgu NIPT pozitif, sensitivite %14 Yanlış negatif 7 olgu Yanlış pozitif % 5

7 Mbp üstü ve 7 Mbp altı CNV (Wolf-Hirschhorn , DiGeorge , Prader-Willi/Angelman , cri du chat ) saptamada etkin. % 3.4

2013-2015, cfDNA pozif 121 olgu (101 Pozitif, 20 rapor edilemeyen) Mikrodelesyon 9 pozitif, 7 rapor edilemeyen 12 tanısal test, (9 aCGH) 1 olgu 45X. PPV %0

45X

Standart NIPT test ile 6Mb’ dan büyük CNV % 83 ( 15 / 18 ) 6 Mb’den küçük CNV % 20 ( 2 / 10 ) Okuma derinliği artarsa 29 / 31 ( 3 maternal ). Sensitivite: Fetal fraksiyon CNV büyüklüğü Maternal genom Okuma derinliği 10Mb 3Mb Fetal Fraksiyon