ENTEROBACTERİACEAE DÖNEM II 2016-2017

GENEL ÖZELLİKLER Kalın barsak florası üyeleri > 40 Genus >150 tür Çoğu non-patojen Klinik örneklerden en sık izole edilen bakteri grubu Flora dışında ciddi patojenler < 20 tür :% 95 İnfeksiyon SEPSİS : % 30-35 UTİ : % 70 HE : ?

TAKSONOMİ Domain : Bacteria Kingdom : Bacteria Phylum : Proteobacteria Sınıf : Gamma Proteobacteria Order : Enterobacteriales Aile : Enterobacteriaceae Genus : Escherichia Tür : Escherichia coli (E. coli)

Enterobacteriaceae Escherichia Shigella Salmonella Edwardsiella Citrobacter Yersinia Klebsiella Enterobacter Serratia Proteus Morganella Providencia

GENEL ÖZELLİKLER Enterobacteriaceae ailesi Fakültatif anaeropturlar. Glikozu fermente eder. Nitratları nitritlere indirgerler. Oksidaz negatif / Katalaz pozitifler . Kapsüllü suşlar dışındakiler hareketli Gram negatif basiller

GENEL ÖZELLİKLER Gram negatif basiller Boyut : 0.5-1 x 2-10 mikron, Basil veya kokobasil Hareketli : Shigella , klebsiella hariç Kapsüllü Sporsuz çomaklar G+C : %39-59

GENEL ÖZELLİKLER Hücre Duvarı Somatik Antijeni :LPS

GENEL ÖZELLİKLER E.coli > 700 Salmonella > 2500 serotip Antijenik Yapı : O (LPS) :Somatik antijen :grup spesifik Termostabil, tripsin stabil, Fenol labil (E.coli:171) H (Protein) :Flagella antijeni :tip spesifik Termolabil, tripsin labil, Fenol stabil (E.coli:56) K (Mikopolisakkarit): Kapsül antijeni (E.coli :80) Vi = K antijeni E.coli > 700 Salmonella > 2500 serotip

GENEL ÖZELLİKLER Kolay ürerler Optimal üreme : 35-37 C0 Optimal pH :7.2 ±0.2 Optimal süre :18-24 saat Glikozu A/AG oluşturarak fermente ederler Nitratları redükte ederler Adi besiyerlerinde ürerler % 5 kan içeren besiyerleri üremeyi artırır Anilin boyalar ve safra tuzlarına dirençliler

GENEL ÖZELLİKLER Seçici ve seçtirici besiyerlerinde üretilirler Anilin Boyalar : Fenol Red : pHN: Kiremit , pHA : Sarı, pHAlk: Kırmızı Eosin MB: pHN: A.mavi , pHA : Sarı, pHAlk: Koyu M Brom timol mavisi : pHN:Yeşil, pHA : Sarı, pHAlk: Mavi Fuksin : pHN:Soğan zarı, pHA : KK, pHAlk: SZ Safra Tuzu : Bile salt Sodyum desoxcholat Sodyum sitrat Desoxycholat sitrat Sodyum tharokolat Şeker : Dekstroz /glikoz Laktoz Mannitol vs MacConkey (MAC) Eosin methylene blue (EMB) agar XLD, SS, Endo 1-3 mm çaplı S, M tipi koloniler Sıvı besiyerinde homojen bulanıklık yaparlar

GENEL ÖZELLİKLER Fenotipik Genotipik a-G+C a-Koloni morfolojisi b-Fermentasyon c- Sülfürlü bileşiklerin redüksiyonu d-İMVİC e-Üre hidrolizi f-Sitrat kullanımı g-Hareket h-Serotipleme Genotipik a-G+C b-DNA hibridizasyon

GENEL ÖZELLİKLER İNDOL Triptofan indol + pruvat+Amn METİL RED Glikoz Laktik A.+Formik A + Etanol + Co2 VOGES-PROCAUER Glikoz 2,3 butilen glikol + Diasetil CİTRAT C kaynağı olarak sitrat ? Triptofanaz 5M O2 β-D-glucuronidase β--glaktosidase E coli :+ + - - E.Aerogenes : - - + +

GENEL ÖZELLİKLER Laktoz fermentatifler-Koliformlar β-galactoside permease + β-galactosidase E. coli, Citrobacter, Klebsiella, Enterobacter Laktoz non-fermentatifler Salmonella, Shigella Proteus, Yersinia İntestinal patojenler : Campylobacter Aeromonas Pleisomonas Basilluslar vs vs

GENEL ÖZELLİKLER Isıya duyarlı 55C 10 dakika : E coli 63C 30 dakika : Enterobacterecea 70C 2 dakika : Hamburger pH :2-9 :Enterobactereceae Kimyasal ajanlar: 0.05 ppm klora duyarlı İn-vitro şartlarda 8-10 ay canlılığını korur

E.COLİ

E.coli İlk tanım: 1885 Bacterium coli common :1883-1895 Neonatal ishali: 1930 Flora bakterisi: İlk 40 saat sonunda GİS kolonizasyonu Yetişkinlerde : 107 (10,000,000) cfu/gr gaita 1/1000 : E coli/Total bakteri yoğunluğu 1/20 :E coli/Bacteroides İNDİKATÖR MİKROORGANİZMA 1857-1911

E.coli Boyut : ~ 0.5 (0.25-1)x 2µm Gr negatif Pleomorfik çomak Peritrih flagellalı Mikrokapsül Sporsuz

E.coli ÜREME ÖZELLİKLERİ Fakültatif anaerob Oksidatif ve Fermentatif metabolizma Kolaya ürer Optimal ısı : Kommensal :35-37C0 Fekal/gaita : 44.5 C0 Fekal/gıda : 45.5 C0 Optimal pH :7.2±0.2 (4.3-11) Katı vasat: 11 Sıvı vasat : 9 Optimal süre:18-24 saat

E.coli GENOM ÖZELLİKLERİ 4.6 Mbp Büyüklüğünde sirküler Kromozom ORF: 4300 Bilinen gen : 1800 Bilinmeyen : % 30 Tek kopi : % 70 Multi kopi : % 6

E.coli ÜREME ÖZELLİKLERİ Katı besiyeri: 1-3 mm çaplı S tipi koloni Kanlı agarda hemoliz :± Endo agarda: Laktoz pozitif metalik refle Sıvı besiyerinde :Homojen bulanıklık

E COLİ : KONAK İLİŞKİSİ Kommensal (Probiyotik) E.coli İntestinal patojenler (InPEC) Extraintestinal patojenler (ExPEC)

İNTESTİNAL PATOJENLER Enteropathogenic E. coli (EPEC), Enterotoxigenic E. coli (ETEC), Enteroinvasive E. coli (EIEC), Enteroaggregative E. coli (EAEC), Enterohemorrhagic E. coli (EHEC).

Enteropathogenic E. coli (EPEC) Yeni doğan ishallerinden izole edilirler Mikrovillusların fonksiyonunu bozar Hücre iskelet sistemini/şeklini bozar Sekretuver tip ishale yol açar

2) Enterotoxigenic E. coli (ETEC) Turist ishallerinden sorumlular Sekretuvar tip ishale yol açar Termostabil ve Termolabil toksijenik tipleri var TLT: Kolera benzeri etki Adenilsiklaz aktif, sitozolde cAMP artar TST: Lümenden iyon alımı durmuş Guanilat siklaz aktif stozolde cGMP artar

3) Enteroinvasive E. coli (EIEC ) Epitele adezyon ve invazyon Mukozal hasar İnvaziv patoloji / dizanterik tablo İnflamatuvar ishal

4) Enterohemorrhagic E. coli (EHEC). Vero toksijenik VTEC-Shiga toksijenik E. coli (STEC) Lizojenik faj :PI, Plazmid = Toksinler O157:H7 O111:H8 O26:H11 O103:H2 O121 O104 H4 O145 İlk defa USA’de 1982 de bildirildi HUS’ile ilişkisi 1985’de gösterildi Kontamine et, Su Sebze Elma Elma suyu kaynak Transmission electron micrograph of Escherichia coli O157:H7 CDC/Peggy S. Hayes

4) Enterohemorrhagic E. coli (EHEC). Enterit dozları Shigella : 10 – 100 cfu C. Jejuni : 104 – 106 cfu Salmonella : 105 – 108 cfu Vibrio cholerae 105 – 108 cfu Enterotoxigenic E. coli (ETEC) : 108 Yersinia enterocolitica : 109 cfu EHEC

4) Enterohemorrhagic E. coli (EHEC). Epitele saldırı TipIII Sekresyon Sistemi Tir-intimin adezyonu Faj’da kodlu :stx1 ve stx2 28S rRNA’yı bozar hücre ölür Plazmit de-Hemolizin

5) Enteroaggregative E. coli (EaggEC). Kronik infantil ishallerinden sorumlu Virülans faktörleri 1-80MDa Plazmid a-AAF-I b-AAP-II c-plasmid-encoded toxin (pet) 2- Enteroaggregative heat-stable toxin-1 (EAST-1) 3- Shigella enterotoxin-1 (ShET1) 4- Stx2 ? AggR Endotele adezyon

Extraintestinal Patogenic E .coli :ExPEC UTİ : UPEC Sepsis :SEPEC N.Menejit :NMEC Pnomoni İnt.Abd.İnfek. Osteomyelit Sellülit Deri yumuşak doku Morbidite Maliyet

Extraintestinal Patogenic E .coli :ExPEC Virulans faktörleri Adezinler : P fimb,TipI Fimb.Tsa LPS Kapsül: K1,Grup II kapsül Toksinler: hylA,hylF,clb, Cytolethal distending toxin IV (CDT 1) Patojenite adaları Cytotoxic necrotizing factor 1 (CNF-1) Siderofor: Ybc luc, Iro Poteaz: d-Serine deaminase (DsdA) İnvazin : IbeA Serum direnç proteinleri:Iss,Cva Int. Journal of Med. Microbiol. 301 (2011) Klinik önem E coli Asemptomatik Patotipik intestinal Extraintestinal grup kolonizasyon Diarrhea infeksiyon Kommensal +++ — + Intestinal patojenik — +++ — ExPEC + — +++

Extraintestinal Patogenic E .coli :ExPEC UTİ: Non-obstruktif non komplike UTİ %90’ UPEC E/K=1/14 P (PAP) ve Tip I fimbria taşıyan suşlar: P fimbria üroepiteldeki galaktoz disakkaride T1 fimbria idrardaki mannosyl glikoprotein NMEC: K1 suşları yol açar (E.coli %80) K1: sialik asit yapısında GİS/Nasofarenks Kan menings İnsidans :1.2/2000-4000

ANTİBİYOTİK DİRENCİ β-laktamlar β-laktamazlar Sefalosporinler ESBL Karbepenemler Karbepenemazlar Aminoglikozidler Tetrasiklinler Kinolonlar