Sunum yükleniyor. Lütfen bekleyiniz

Sunum yükleniyor. Lütfen bekleyiniz

Prostat Kanseri Teşhisinde Veri Madenciliği Yöntemlerinin Başırım Karşılaştırması Dr. Sait Can Yücebaş Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi, Bilgisayar.

Benzer bir sunumlar


... konulu sunumlar: "Prostat Kanseri Teşhisinde Veri Madenciliği Yöntemlerinin Başırım Karşılaştırması Dr. Sait Can Yücebaş Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi, Bilgisayar."— Sunum transkripti:

1 Prostat Kanseri Teşhisinde Veri Madenciliği Yöntemlerinin Başırım Karşılaştırması Dr. Sait Can Yücebaş Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi, Bilgisayar Mühendisliği Bölümü, Çanakkale

2 Bu çalışma, Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Koordinasyon Birimince Desteklenmiştir. Proje Numarası : FBA ”

3 Sunum Akışı Giriş Motivasyon Materyal Yöntem Bulgular

4 Giriş Tıp – Sağlık alanı veri madenciliğinin odak noktalarından biri o Çok sayıda veri o Çok boyutlu veri Erken teşhis ve Teşhis Tedavi Planlama İlaç Etkileşimi Hatırlatıcı-Uyarıcı Sistemler [2-3]

5 Giriş Çok boyutlu, çok miktarda veri => Genetik İnsan Genom Projesi => Gen – Hastalık İlişkisi o Kanser Türleri o Zihinsel – Ruhsal Hastalıklar o Diyabetik Hastalıklar o Kalıtımsal Hastalıklar

6 Giriş Bütünsel Genom İlişkilendirme Çalışmaları (GWAS) o Gen – Hastalık İlişkisi Tekli nükleotid polimorfizmleri (SNP) o DNA varyasyonuna neden olan tek bir nükleotidin değişimmi o Değişen nükleotidler = Aleller

7

8 Motivasyon Genotip + Fenotip Bilgileri Başarım Karşılaştırması o K En Yakın Komşu (tembel öğrenme) o Karar Ağacı (özyineleme) o Naïve Bayes (olasılıksal model) o Destek Vektör Makinası (doğrusal olmayan)

9 Materyal NCBI dbGaP “Çok Etnikli Prostat Kanseri” 1260 kişi (628 sağlıklı, 632 hasta) o Afro Amearikan =358 o Japon =227 o Latin = 675 Her birey için o SNP ve 20 adet fenotip

10 Yöntem – Veri Ön İşleme Temsili SNP alt kümesi PLINK = Metu – SNP = 2710 Fenotip Elemesi o Sadece hastalar için var olan özellikler o Eksik bilgi oranı %40 ve fazla olan fenotipler o =12 Fenotip

11 bmi_catBeden Kitle İndeksi fh_prcaAile Hikayesi pa_cat Günlük Fiziksel Aktivite packyrs_ca Günlük içilen sigara miktarı X içilen yıl ethanol_ca Günlük alınan alkol miktarı

12 d_lyco_cat Gümlük likopen alımı p_fat_cat Günlük alınan yağ miktarı d_calc_cat Günlük kalsiyum alımı currsmoke Şu anki sigara kullanımı eversDecisiımoke Hiç sigara içip içmediği

13 Başarım Karşılaştırması Uygulama Aracı = RapidMiner 5.3 Performans Kriterleri => 10 Katmanlı Çapraz Geçerlilik Testi

14 K-En Yakın Komşu K = [3 – 5], K =3

15 Naïve Bayes

16 Karar Ağacı Quinlan’ ın ID3 Ayrım Kriteri = Bilgi Kazancı Oranı Dallanma İçin min. Boyut= 4 Min. Yaprak Boyutu = 2

17

18 Destek Vektör Makinası Çekirdek = RBF C =10 Gamma = 0.001

19

20 Karşılaştırmalı Sonuçlar

21 Bulgular

22 ETNİK KÖKEN AFRO AMERİKAN JAPON Fenotip Dallanma Genotip Dallanma

23 Bulgular Beden Kitle indeksi (çok düşük veya çok büyük) o BMI Hasta [56,57,58] Ailede prostat kanseri hikayesi [59] Gün içinde içilen sigara miktarı [60,61]

24 Bulgular 41 adet ilişkili SNP regulomeDB o 24 adet SNP (genetik varyasyon) ENSEMBL o 17 adet SNP (hastalıkla ilişkili)

25 rs =>ATP2B2 geni => enerji üretimi ve kalsiyum taşıması Rs =>ARL9 geni => ATP/GTP =>AGBL4 => ATP/GTP Tüm bu genler IGF1=> insüline bağlı gelişim BMI ile ilişkili olabilir

26 Teşekkürler

27 Referanslar C.Yücebaş and Y. Aydın Son (March 20, 2014). “A Prostate Cancer Model build by a Novel SVM-ID3 Hybrid Feature Selection Method using both genotyping and phenotype data from dbGaP”. DOI: /journal.pone Coiera, E., (2003). Clinical Decision Support Systems: Guide to Health Informatics. CRC Press. Arnold, London. Sen, A., et al., (2012). Clinical Decision Support: Converging toward an Itegrated Architecture. J Biomed Inform. 45(5):1009–1017

28 Edward Giovannucci, et al.. (2003) Body Mass Index and Risk of Prostate Cancer in U.S. Health Professionals. JNCI J Natl Cancer Inst. 95(16): Cao Y, Ma J. (2011) Body Mass Index, Prostate Cancer-Specific Mortality, and Biochemical Recurrence: A Systematic Review and Meta-Analysis. Cancer Prev Res (Phila).4(4): Rodriguez C, et al.. (2001) Body Mass Index, Height, and Prostate Cancer Mortality In Two Large Cohorts of Adult Men In The United States. Cancer Epidemiol Biomarkers Prev. 10(4): Gary D, et al.. (2006) Family History and The Risk Of Prostate Cancer. The Prostate. 17(4):337–347 Lora A. Plaskon, et al.. (2003) Cigarette Smoking and Risk of Prostate Cancer in Middle-Aged Men. Cancer Epidemiol Biomarkers Prev. 12: Steven S. Coughlin, et al. (1995) Cigarette Smoking as a Predictor of Death from Prostate Cancer in 348,874 Men Screened for the Multiple Risk Factor Intervention Trial. American Journal of Epidemiology. 143(10):


"Prostat Kanseri Teşhisinde Veri Madenciliği Yöntemlerinin Başırım Karşılaştırması Dr. Sait Can Yücebaş Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi, Bilgisayar." indir ppt

Benzer bir sunumlar


Google Reklamları