Proje Lideri Mehmet Emin VURAL Araştırmacılar : Ahmet KARATAŞ (GAPUTAEM) Necdet AKAY (BDUTAEM) Yrd. Doç. Dr. Selahattin KİRAZ (H.Ü.Z.F.) Doç. Dr. Seyrani.

... konulu sunumlar: "Proje Lideri Mehmet Emin VURAL Araştırmacılar : Ahmet KARATAŞ (GAPUTAEM) Necdet AKAY (BDUTAEM) Yrd. Doç. Dr. Selahattin KİRAZ (H.Ü.Z.F.) Doç. Dr. Seyrani."— Sunum transkripti:

1 Proje Lideri Mehmet Emin VURAL Araştırmacılar : Ahmet KARATAŞ (GAPUTAEM) Necdet AKAY (BDUTAEM) Yrd. Doç. Dr. Selahattin KİRAZ (H.Ü.Z.F.) Doç. Dr. Seyrani KONCAGÜL (H.Ü.Z.F.) Proje başlama/Bitiş tarihleri : 01/01/2012 - 31/12/2013 BULGULAR Güney Karaman koyunu ile Zom koyunlarının D-loop bölgesi gen dizileri belirlenmiştir. Gen dizi bilgilerine göre koyunlarda mtDNA polimorfizmi, mtDNA haplotipleri ve haplogrupları (soylar), haplotipler ve yabani koyunlar arasında filogenetik ilişkiler belirlenmiştir. Zom koyunlarında ise 26 polimorfik bölge tespit edilmiştir. Haplotip ve nükleotid faklılığı sırasıyla; 0.957±0.004 ve 0.00117±0.0003 olarak bulunmuştur. UPGMA genetik ağaçta 20 haplotipe ayrılmıştır Türkiye yerli koyun ırklarını içeren evcil koyunlarda A, B, C, D, E haplogrupları ait diziler referans alınmış olup, Güney Karaman koyunlarında tespit edilen 10 haplotipin, 7’si B, 2’si A ve 1 taneside D soyunda yer almıştır. Zom koyunlarında ise tespit edilen 20 haplotipin 12’si B, 8’i A soyunda yer almıştır. GAP Uluslararası Tarımsal Araştırma ve Eğitim Merkezi Silvan yolu 7. Km. Sur DİYARBAKIR www.gaputaem.gov.tr Yabani koyunlar ile Güney Karaman ve Zom haplogrupları arasındaki genetik uzaklıklar; A soyu ile %3.87, B soyu ile %4.31 ve D soyu ile %4.56 olarak tespit edilmiştir. Koyun haplogrupları ile yabani koyunlar arasında filogenetik ilişkiler Güney Karaman koyunlarında, D-loop bölgesinde 27 polimorfik bölge tespit edilmiştir. Haplotip ve nükleotid faklılığı sırasıyla; 0.877±0.009 ve 0.00114±0.0004 olarak bulunmuştur. D-loop bölgesine göre UPGMA genetik ağaçta, 10 haplotipe ayrılmıştır Güney Karaman haplotipleri arasında Laboratuvarındalar 0.0016-0.0339 arasında, Zom haplotipleri arasında genetik uzaklıklar 0.0016-0.0315 arasında hesaplanmıştır. Ayrıca filogenetik analizlerde, haplogrupları belirlenen koyunlar ile yabani koyunlarda yapılan çalışmalara ait dizi bilgileri Gen Bankasından (NCBI) temin edilerek birlikte farklı filogenetik ağaçlar oluşturulmuştur.

2 PROJENİN AMACI Güney Karaman koyun ırkı ve Zom koyunlarının filogenetik yapılarını moleküler tekniklerle ortaya koymak ve bu koyunların diğer yerli ve yabani koyun ırkları ile aralarındaki filogenetik ilişkilerin belirlemek amacıyla yapılmıştır. MATERYAL Araştırmanın hayvan materyalini, Bahri Dağdaş Uluslararası Tarımsal Araştırma Enstitüsündeki koruma sürülerindeki Güney Karaman koyunları (n=36) ile Karacadağ yöresinde yetiştirilen Zom koyunları (n=100) oluşturmuştur. Moleküler çalışmaları Harran Üniversitesi Ziraat Fakültesi Hayvansal Biyoteknoloji Laboratuvarında yapılmıştır. Primerlerin Tasarlanması Gen Bankası internet portalından, evcil koyun için tüm mitokondriyal genoma ait referans diziden D-loop, tRNA-Phe, 12S ribosomal RNA gen bölgesini içeren dizi bilgilerini kullanarak, D-loop gen bölgesine ait 525 bp’lık kısmı içerecek şekilde primerler tasarlanmıştır. D-loop gen bölgelerinin Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) D-loop gen bölgesinin polimeraz zincir reaksiyonu tekniği ile çoğaltılmasında kullanılan PCR karışımı belirtilen miktarlarda kuru buz üzerindeki 0.2 ml’lik PCR ependorf tüpleri içerisinde hazırlandıktan sonra, PCR şartları önceden programlanmış PCR cihazına yerleştirilmiştir. Zom Koyunu DNA örnekleri Güney Karaman D-loop bölgesi DNA ileri zincir kromatoğramı Zom ve Güney Karamanlardan Kan Alma Laboratuvar Çalışmaları DNA Polimorfizmi ve Filogenetik Analizler Populasyonlar için dizi sayısı, polimorfik bölge sayısı (S), haplotip sayısı (h), haplotip farklılığı (Hd), nükleotid farklılığı (π) ve ortalama nükleotid farklılığı sayısı (k) değerleri DnaSP 5.0 programları kullanılarak belirlenmiştir. Her bir ırkta genetik ilişkileri göstermek ve haplotipleri belirlemek amacıyla UPGMA yöntemine göre yapılmıştır. Haplogrup tespiti ve ileri filogenetik analizler, Neighbour-Joining (NJ) metoduna göre Kimura-2-parametre (K2P) modeli kullanılarak MEGA 4.0.1 programında yapılmıştır. Nodların (ağaç kolları) güvenirliğinin test edilmesinde Bootstrap testi (1000 tekrarlı) kullanılmıştır. Çoğaltılan PCR ürünlerinin görüntülenmesinde %1,5’luk agaroz jel kullanılmıştır. PCR jellerinin koşturulmasında marker olarak 100 bp’lik ladder kullanılmıştır DNA Dizileme D-loop gen bölgelerinin PCR amlifkasyonu gerçekleşmiş örnekler gen dizileme için seçilerek ileri (F) ve geri (R) zincir olmak üzere örnekler 50  l olarak hazırlanıp dizileme işlemine gönderilmiştir. METOD Genomik DNA İzolasyonu Koyunlardan alınan kan örneklerinden genomik DNA izolasyon kiti kullanılarak 136 örnekten genomik DNA izole edilmiştir. İzole edilen DNA örneklerinin görüntülenmesinde %1’lik agaroz jel kullanılmıştır.