Sunum yükleniyor. Lütfen bekleyiniz

Sunum yükleniyor. Lütfen bekleyiniz

AMBER WORKSHOP AMACI TR-GRID $AMBERHOME programları kullanılarak : 1) İlaç-reseptör etkileşimlerinin Autodock_vina ile incelenmesi 2) AMBER Molecular Mechanics.

Benzer bir sunumlar


... konulu sunumlar: "AMBER WORKSHOP AMACI TR-GRID $AMBERHOME programları kullanılarak : 1) İlaç-reseptör etkileşimlerinin Autodock_vina ile incelenmesi 2) AMBER Molecular Mechanics."— Sunum transkripti:

1 AMBER WORKSHOP AMACI TR-GRID $AMBERHOME programları kullanılarak : 1) İlaç-reseptör etkileşimlerinin Autodock_vina ile incelenmesi 2) AMBER Molecular Mechanics 3) İlaçların bağlanma değerlerinin (Ka ve ∆G) MM-PBSA (Molecular Mechanics/Poisson-Boltzmann Surface Area) yöntemi ile belirlenmesi 4) Madde 1-3 için gerekli programların TR-GRID de çalıştırılması KONU Oseltamivir, Zanamivir ve Peramivir gibi nöraminidaz ilaçların influenza A tipi retrovirüs enfeksiyonlarına karşı etki mekanizmalarının in siliko yöntemlerle incelenmesi METOT ve ARAÇLAR programları : autodock_vina v1 ve AMBER v10 program paketi, 2HU4.pdb, chimera, Autodock Tools (ADT) GAMESS QUANTUM MECHANICS WORKSHOP AMACI 1) GAMESS input dosyalarının GAPEDIT ile hazırlanması 2) GAMESS işlerinin PBS script ile node’lara gönderilmesi

2 İnsanlara bulaşan İnfluenza-A retrovirüs tipleri

3 Figure was adapted from A. Moscona (2005). Neuraminidase İnhibitors for Influenza. Drug Therapy, 353,

4 Taylor NR, von Itzstein M (March 1994). "Molecular modeling studies on ligand binding to sialidase from influenza virus and the mechanism of catalysis". Journal of Medicinal Chemistry 37 (5): 616–24.

5 (2R,3R,4S)- 4-[(diaminomethylidene)amino]- 3-acetamido- 2-[(1R,2R)- 1,2,3- trihydroxypropyl]- 3,4-dihydro- 2H-pyran- 6- carboxylic acid İçerik: Zanamivir, 1989 Ticari isim: Relenza Firma:GlaxoSmithKline (UK) Uygulama: Oral inhalation Metot: In Siliko, GRID (Molecular Discovery Ltd.) İçerik: Oseltamivir Ticari isim: Tamiflu Firma:GlaxoSmithKline (USA) Uygulama: Capsulles Metot: In Siliko 1. PM Colman, JN Varghese, WG Laver (1983). Structure of the catalytic and antigenic sites in influenza virus neuraminidase. Nature; 303: Anti-influenza ilaç geliştirme çabaları nöraminidaz enziminin kristal yapısını 1983’te Colman 1 grubu yayınladıktan sonra hızlandı. İçerik: Peramivir, 2009 Ticari isim: Faz-III test aşaması Firma:BioCryst Pharmaceuticals (USA), Allience of U.S. Department of Health and Human Services Uygulama: Intravenous or intramascular Metot: Kristalografi, In Siliko (1S,2S,3S,4R)-3-[(1S)-1-acetamido-2-ethyl- butyl]-4- (diaminomethylideneamino)-2- hydroxy-cyclopentane- 1-carboxylic acid ethyl (3R,4R,5S)-5-amino-4-acetamido- 3-(pentan-3-yloxy)cyclohex-1-ene-1- carboxylate

6 $ AMBERHOME module load tr-01-ulakbim/application/amber10/intel AMBER v10 GAMESS QM GABEDIT Discovery Studio Visualizer v2.0 AutoDock (MGL) Tools v1.x.x Autodock_vina VMD

7 En sık kullanılan koordinat dosyaları 1) Protein Data Bank (PDB) formatı (makro moleküller, ligand, su, iyonlar, vb.) REMARK HELIX SHEET SSBOND atom # atom type residue chain res.# x y z ATOM 1 N VAL A TER HETATM 2 CA MOL A/B TER CONECT END 2) SYBYL mol2 formatı (makromoleküller, küçük moleküller) #Creation time: Mon Apr 03 11:57:47 GTB Daylight Time MOLECULE zanamivir PROTEIN ATOM # atom type x y z atom type chain C C.2 1 ZMR BOND

8 Uygun PDB dosyası seçimi PROTEIN DATA BANK Protein, RNA, DNA, Glikoprotein, reseptör-ilaç komplex yapıları Dosya formatı : PDB Search (Arama) ile molekül(ler) bulunabilir 1) Kristal (susuz ortamda) yapı koordinatları. Metot: X-RAY kristalografisi -Tek bir yapı. -Monomerler kristallenirken dimer veya tetramer yapı oluşturabilirler. Bu durumda birinci monomer yapı koordinatları tercih edilir -Hidrojen atomları dahil değildir. Mümkünse <2.5 A o çözünürlük tercih edilmelidir. -Çok az miktarda kristallenmiş su molekülleri içerebilir. 2) Çözelti (sulu ortamda) yapı koordinatları. Metot: NMR yapı tayini -Ortalama bir yapı veya birden fazla üst-üste çakıştırılmış yapılar olabilir. -Gerekli olmadıkça su molekülleri içermezler BIOMAGNETIC RESONANCE BANK (BMRB) PDB formatında Biomoleküllerin NMR çözelti yapıları DOCKING ve MOLECULAR MECHANICS için kristal yapıları tercih ediniz.

9 Protein Data Bank’ta uygun H1N1 tipi nöraminidaz enzim koordinatları seçimi

10 amino asitler

11 RESEPTÖR VE LİGAND KOORDİNATLARI CHIMERA kullanımı --chimera’yı çalıştırınız chimera File>Fetch By ID >PDB seçiniz > kutuya 2hu4 yazınız > Fetch --2 adet tetramer kristal yapısı. Monomerler: A, B, C, D, E, F, G, H --sadece monomer A ile çalışılacak. Monomer A koordinatlarını 2HU4_A.pdb olarak kaydediniz Select>Chain>A File> Save PDB File name : 2HU4_A.pdb “Save Selected atoms only” ve “Use untransformed atoms only” işaretleyiniz > Save -- 2HU4.pdb dosyasını kapatınız ve 2HU4_A.pdb dosyasını yükleyiniz. File>Close File>Open File name : 2HU4_A.pdb > Open -- Actions>Atoms/Bonds>delete -- Ligandı (oseltamivir) PDB formatında kaydediniz Select>Residue>G39 File>SavePDB>Save Selected Atoms Only> Filename: oseltamivir.pdb

12 RESEPTÖR VE LİGAND HAZIRLANMASI EDİTÖR KULLANIMI nedit veya vi editörleri 2HU4.pdb dosyasındaki reseptör (nöraminidaz) koordinatları -- 2HU4 dosyasında ATOM 1 ile TER 2963 arasındaki atom koordinatlarını kopyalayıp -- bir başka dosyaya yapıştırınız ve rec.pdb olarak kaydediniz ATOM 1 N VAL A N.. TER 2963 ILE A 468 2HU4.pdb dosyasındaki ligand (oseltamivir) koordinatları -- 2HU4 dosyasında HETATM23705 ile HETATM23724 arasındaki atom koordinatlarını kopyalayıp -- bir başka dosyaya yapıştırınız ve oseltamivir.pdb olarak kaydediniz. HETATM23705 C1 G39 A C.. HETATM23724 N4 G39 A N

13 CYSTINE BAĞLARININ BELİRLENMESİ -- cystine (-S-S-)AMBER kodu : CYX -- cystein (-SH) AMBER kodu : CYS -- 2HU4.pdb dosyasını less, vi veya nedit ile text olarak görüntüleyiniz -- SSBOND satırlarını bulunuz ve A monomerine karşılık gelen cystine bağlarını kaydediniz 2HU4.pdb SSBOND 1 CYS A 92 CYS A 417 SSBOND 2 CYS A 124 CYS A 129 SSBOND 3 CYS A 183 CYS A 230 SSBOND 4 CYS A 232 CYS A 237 SSBOND 5 CYS A 278 CYS A 291 SSBOND 6 CYS A 280 CYS A 289 SSBOND 7 CYS A 318 CYS A 336 SSBOND 8 CYS A 421 CYS A rec.pdb dosyasını açınız. -- CYS aminoasitler (residue): 92, 417, 124, 129, 183, 230, 232, 237, 278, 291, 280, 289, 318, 421, Belirlenen CYS aminoasitlerin PDB dosyasındaki KOD isimlerini CYS  CYX olarak değiştiriniz ve pdb dosyasını rec_amber.pdb olarak kaydediniz. Örnek ; CYS: ATOM 62 N CYS A N CYX: ATOM 62 N CYX A N

14 DOCK AutoDOCK Tools (ADT) ile reseptör ve ligandı hazırlama Önemli hususlar Kısmi atom yükleri : Gestaiger yükleri Protein : Polar atomlar hidrojen içerir. Polar olmayan atomlar hidrojen içermez. Ligand : Atomlar hidrojen içermez. Autodock dosya formatı : PDBQT -- ADT yi çalıştırınız adt --Auto Dock button’una basınız ve beliren pencerede Dismiss’e basınız Ligand hazırlama: Ligand>Input>Open klasörünüzden oseltamivir.pdb seçiniz Ligand > Tosrion Tree>Choose Torsions Ligand>Output>Save as PDBQT> oseltamivir.pdbqt olarak kaydediniz Protein hazırlama: File > Read Molecule > klasörünüzden pdb formatında rec.pdb seçiniz Edit > Hydrogens > Add > Polar Only  Ok Grid > Macromolecule > Choose > rec>Select Molecule> File name : rec.pdbqt Grid > Grid Box  Spacing : 1 Button’ları kullanarak GRID kutunuzun boyutlarını belirleyiniz ve aşağıdaki gibi kaydediniz Grid Points Center Grid Box x_dimension 26 x_center : y_dimension 28 y_center : z_dimension 30 z_center :

15 DOCK AUTODOCK_VINA -- mkdir ile kendinize bir $HOME/klasor yaratınız. Bu klasörde olması gereken dosyalar: rec.pdbqt, oseltamivir.pdbqt, vina.in run.sh vina.in: receptor = rec.pdbqt ligand = oseltamivir.pdbqt out = docked_results.pdbqt size_x = 26 size_y = 28 size_z = 30 center_x = center_y = center_z = exhaustiveness = 8 run.sh :

16 -- vina işini gönderiniz qsub run.sh Output : vina.out (energy scores) docked_results.pdbqt (dock olmuş molekül koordinatları) vina.out : mode | affinity | dist from best mode | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b DOCK AUTODOCK_VINA Dock koordinatları görüntüleme --adt çalıştırınız. --Float Dashboard Widget button’una basıp “Phyton Molecule Viewer (PMV)” pencerini ekranınızın farklı bir yerine taşıyınız File > Read Molecule > rec.pdb File > Read Molecule > docked_results.pdbqt PMV de MS ile reseptörün yüzey görünümünü açınız PMV de birinci oseltamivir dışında diğer ligandların line button’nunu inaktif ediniz. PMV de birinci oseltamivir için Display S&B ve Atom opsiyonlarını işaretleyiniz. PMV de birinci oseltamivir’I Select ile seçiniz Edit>Add Hydrogens> All Hydrogens >OK File > Save > Write PDB>oseltamivir_docked.pdb olarak kaydediniz.

17 AMBER v10 (2008) Assisted Model Building with Energy Refinement D.A. Case, T.A. Darden, T.E. Cheatham, III, C.L. Simmerling, J. Wang, R.E. Duke, R. Luo, K.M. Merz, B. Wang, D.A. Pearlman, M. Crowley, S. Brozell, V. Tsui, H. Gohlke, J. Mongan, V. Hornak, G. Cui, P. Beroza, C. Schafmeister, J.W. Caldwell, W.S. Ross, and P.A. Kollman (2008), AMBER 10, University of California, San Francisco.

18 Mighty AMBER Force Field for amino acids, (deoxy) ribonucleot(s)ides, sugars, small organic molecules Determines semiempirical quantum charges for small molecules (AM1-BCC ~ RESP) Molecular Dynamics (MM) Explicit solvent simulations Particle Mesh Ewald NMR restraints Poisson Boltzmann Implicit solvent simulations Poisson Boltzmann Generalized Born Stand-alone simulations NMR restraints (NOE distance, dihedral angle, dipolar couplings, chemical shifts) X-Ray restraints (distance and torsion angles) Quantum Mechanics/Molecular Mechanics (QM/MM) ~ QSAR Study Enzyme (receptor) – Substrate (ligand) interactions Substrate (ligand) = QM_semiempirical Hemiltonian (AM1-BCC, PM3, MINDO/2), Gaussian Enzyme (receptor) = MM Thermodynamics G, H, S, Cv, Binding constant Constant pH simulations, pKa shifts for titratible groups Transition state analysis Docking (locus of the receptor must be known) AMBER v10

19 Chimera Sirius

20 MM by AMBER10 EP tot = Σ K r (r – r eq ) 2 bond bonds + Σ K Θ (Θ – Θ eq ) 2 angle angles + Σ (V n /2) (1 + cos[nФ – γ]) dihedral dihedral atoms + Σ (A ij / R 12 ij ) - (B ij / R 6 ij ) van der Waals i ≠ j atoms + Σ (q i q j / ε s R ij ) electrostatic i ≠ j [ + E EP extra points (optional) ] atoms [ - ( 1/2) Σ μ ind i. E (o) i polarization (optional) ] i ≠ j

21 AMBER ile 10 ns Molecular Dynamics Aşağıda belirtilen klasörleri mkdir ile yaratınız ve bu klasörlere gerekli input ve pdb dosyalarını taşıyınız ante : oseltamivir_docked.pdb prmtop : rec_amber.pdb relax : relax.in temp : temp.in md : md.in ptraj : ptraj.in mmpbsa : coord.in, mmpbsa.in mdout Relax.in: Relax the entire system &cntrl imin = 1, maxcyc = 1000, ncyc = 500, ntb = 1, ntr = 0, cut = 9, ntx = 1 / Temp.in: Temperature equilibration &cntrl imin=0, nstlim=10000, ntb=1, irest=0, ntx=1, ntc=2, ntf=2, ntt=3, tempi=0, temp0=298.15, gamma_ln=1, vlimit=5, dt=0.002, ntpr=250, ntwx=250, cut=9, &end Md.in : Pressure equilibration and Molecular dynamics &cntrl imin=0, nstlim=500000, dt=0.002, cut=9, irest=1, ntx=5, ntt=3, gamma_ln= 1.0, tempi=298.15, temp0=298.15, ntb=2, ntp=1, pres0=1, taup=2, ntc = 2, ntf = 2, ntpr=2500, ntwx=2500, ntr=0, &end

22 Antechamber ile AM1-BCC kısmi atom yükleri hesaplama -- AM1-BCC-Austin Model 1 with Bond and Charge Correction -- DFT HF/6-31 G* kısmi yüklerine benzer sonuçlar cd ante antechamber –i oseltamivir.pdb –fi pdb –o ligand.mol2 –fo mol2 –at gaff –c bcc –nc 0 –rn MOL –j 4 parmchk –i ligand.mol2 –f mol2 –o ligand.params

23 AMBER ile 10 ns Molecular Dynamics XLEAP, TLEAP, SLEAP, Parameter&Topology ve Coordinate dosyaları cd prmtop -- xleap veya tleap çalıştırınız source leaprc.ff99SB source leaprc.gaff loadamberparams../ante/ligand.params lig=loadmol2 ligand.mol2 rec=loadpdb rec_amber.pdb com=combine {rec lig} check com charge com saveamberparm com com_mmpbsa.prmtop com_mmpbsa.x saveamberparm rec rec_mmpbsa.prmtop red_mmpbsa.x saveamberparm lig lig_mmpbsa.prmtop lig_mmpbsa.x addions2 com Na+/Cl- 0/sayı (0: nötrallemek için ; sayı: counterion sayısı) solvateoct com TIP3PBOX (su molekülleri 10 veya 8 A o olabilir) saveamberparm com mol.prmtop mol.x savepdb com com.pdb Output dosyaları : com.prmtop (parameter&topology) ve com.x (coordinates) com.incrd com.pdb

24 AMBER Molecular Dynamics #!/bin/sh #PBS -q #PBS -N swineflu #PBS -l nodes=20:ppn=1 ## Export all my environment variables to the job #PBS -V CALISMA_DIZINI="/home_palamut1/cenk/klasor" cd $CALISMA_DIZINI AMBERBIN="/home_palamut1/software/tr-01-ulakbim/application/amber10/bin" if [ "x$PBS_NODEFILE" != "x" ] ; then echo "PBS Nodefile: $PBS_NODEFILE" HOST_NODEFILE=$PBS_NODEFILE fi if [ "x$LSB_HOSTS" != "x" ] ; then echo "LSF Hosts: $LSB_HOSTS" HOST_NODEFILE=`pwd`/lsf_nodefile.$$ for host in ${LSB_HOSTS} do echo $host >> ${HOST_NODEFILE} done fi if [ "x$HOST_NODEFILE" = "x" ]; then echo "No hosts file defined. Exiting..." exit fi echo "***********************************************************************" CPU_NEEDED=`cat $HOST_NODEFILE | wc -l` echo "Node count: $CPU_NEEDED" echo "Nodes in $HOST_NODEFILE: " cat $HOST_NODEFILE echo "***********************************************************************" echo $HOME echo "***********************************************************************" CPU_NEEDED=`cat $HOST_NODEFILE | wc -l` echo "Checking ssh for each node:" NODES=`cat $HOST_NODEFILE` for host in ${NODES} do echo "Checking $host..." ssh $host hostname done run.sh

25 AMBER Molecular Dynamics echo "***********************************************************************" DO_PARALLEL="mpirun -np $CPU_NEEDED ";export DO_PARALLEL /home_palamut1/software/tr-01-ulakbim/library/lam intel9.1/bin/lamboot $HOST_NODEFILE ########################################################################## $DO_PARALLEL $AMBERBIN/pmemd -O -i $CALISMA_DIZINI/relax/relax.in -o $CALISMA_DIZINI/relax/relax.out \ – p $CALISMA_DIZINI/prmtop/mol.prmtop -c $CALISMA_DIZINI/prmtop/mol.x -r $CALISMA_DIZINI/relax/mol.relax.x $DO_PARALLEL $AMBERBIN/pmemd -O -i $CALISMA_DIZINI/temp/temp.in -o $CALISMA_DIZINI/temp/temp.out -p \ $CALISMA_DIZINI/prmtop/mol.prmtop -c $CALISMA_DIZINI/relax/mol.relax.x -r $CALISMA_DIZINI/temp/mol.temp.x -x $CALISMA_DIZINI/temp/mol.temp.traj $DO_PARALLEL $AMBERBIN/pmemd -O -i $CALISMA_DIZINI/md/md.in -o $CALISMA_DIZINI/md/md1.out – p \ $CALISMA_DIZINI/prmtop/mol.prmtop -c $CALISMA_DIZINI/temp/mol.temp.x -r $CALISMA_DIZINI/md/mol.md1.x – x \ $CALISMA_DIZINI/md/mol.md1.traj $DO_PARALLEL $AMBERBIN/pmemd -O -i $CALISMA_DIZINI/md/md.in -o $CALISMA_DIZINI/md/md2.out -p \ $CALISMA_DIZINI/prmtop/mol.prmtop -c $CALISMA_DIZINI/md/mol.md1.x -r $CALISMA_DIZINI/md/mol.md2.x – x \ $CALISMA_DIZINI/md/mol.md2.traj $DO_PARALLEL $AMBERBIN/pmemd -O -i $CALISMA_DIZINI/md/md.in -o $CALISMA_DIZINI/md/md3.out -p \ $CALISMA_DIZINI/prmtop/mol.prmtop -c $CALISMA_DIZINI/md/mol.md2.x -r $CALISMA_DIZINI/md/mol.md3.x – x \ $CALISMA_DIZINI/md/mol.md3.traj $DO_PARALLEL $AMBERBIN/pmemd -O -i $CALISMA_DIZINI/md/md.in -o $CALISMA_DIZINI/md/md4.out -p \ $CALISMA_DIZINI/prmtop/mol.prmtop -c $CALISMA_DIZINI/md/mol.md3.x -r $CALISMA_DIZINI/md/mol.md4.x -x \ $CALISMA_DIZINI/md/mol.md4.traj $DO_PARALLEL $AMBERBIN/pmemd -O -i $CALISMA_DIZINI/md/md.in -o $CALISMA_DIZINI/md/md5.out -p \ $CALISMA_DIZINI/prmtop/mol.prmtop -c $CALISMA_DIZINI/md/mol.md4.x -r $CALISMA_DIZINI/md/mol.md5.x -x \ $CALISMA_DIZINI/md/mol.md5.traj $DO_PARALLEL $AMBERBIN/pmemd -O -i $CALISMA_DIZINI/md/md.in -o $CALISMA_DIZINI/md/md6.out -p \ $CALISMA_DIZINI/prmtop/mol.prmtop -c $CALISMA_DIZINI/md/mol.md5.x -r $CALISMA_DIZINI/md/mol.md6.x -x \ $CALISMA_DIZINI/md/mol.md6.traj $DO_PARALLEL $AMBERBIN/pmemd -O -i $CALISMA_DIZINI/md/md.in -o $CALISMA_DIZINI/md/md7.out -p \ $CALISMA_DIZINI/prmtop/mol.prmtop -c $CALISMA_DIZINI/md/mol.md6.x -r $CALISMA_DIZINI/md/mol.md7.x -x \ $CALISMA_DIZINI/md/mol.md7.traj $DO_PARALLEL $AMBERBIN/pmemd -O -i $CALISMA_DIZINI/md/md.in -o $CALISMA_DIZINI/md/md8.out -p \ $CALISMA_DIZINI/prmtop/mol.prmtop -c $CALISMA_DIZINI/md/mol.md7.x -r $CALISMA_DIZINI/md/mol.md8.x -x \ $CALISMA_DIZINI/md/mol.md8.traj $DO_PARALLEL $AMBERBIN/pmemd -O -i $CALISMA_DIZINI/md/md.in -o $CALISMA_DIZINI/md/md9.out -p \ $CALISMA_DIZINI/prmtop/mol.prmtop -c $CALISMA_DIZINI/md/mol.md8.x -r $CALISMA_DIZINI/md/mol.md9.x -x \ $CALISMA_DIZINI/md/mol.md9.traj $DO_PARALLEL $AMBERBIN/pmemd -O -i $CALISMA_DIZINI/md/md.in -o $CALISMA_DIZINI/md/md10.out -p \ $CALISMA_DIZINI/prmtop/mol.prmtop -c $CALISMA_DIZINI/md/mol.md9.x -r $CALISMA_DIZINI/md/mol.md10.x – x \ $CALISMA_DIZINI/md/mol.md10.traj /home_palamut1/software/tr-01-ulakbim/library/lam intel9.1/bin/lamhalt Run.sh devamı

26 AMBER Molecular Dynamics -- Hesaplamaların yürümesini tail ile kontrol ediniz. Mesela; cd md tail –f md3.out (cntrl+C to quit tail.) -- Potansiyel enerji, sıcaklık dengelenmesi, basınç dengelenmesi, cd mdout mdout.pl../md/md1.out../md/md2.out../md/md3.out../md/md4.out../md/md5.out../md/md6.out../md/md7.out../md/md8.out../md/md9.out../md/md10.out Outputs: summary.EPTOT, summary.PRES, summary.TEMP xmgrace, EXCEL

27 Potential energy equilibration plot of a 20 ps of MD routine for distamycin-DNA in explicit water

28

29 Trajectory analizi, PTRAJ, rmsd, CHIMERA cd ptraj ptraj –p../prmtop/mol.prmtop ptraj.in ptraj.in: trajin../md/mol.md1.traj trajin../md/mol.md2.traj trajin../md/mol.md3.traj reference../prmtop/mol.x rms reference :1-385 out rec.rms.out time 5 rms reference :386 out lig.rms.out time 5 rms reference :1-386 out com.rms.out time 5 Output: rec.rms.out, com.rms.out, lig.rms.out Plotting: xmgrace, EXCEL

30 MMPBSA (Molecular Mechanics/Poisson Boltzman Surface Area) Bağlanma serbest enerjisi, bağlanma sabiti hesaplanması Thermodynamic computations are conducted at 300 K by the mm-pbsa module of AMBER v9-10 for the complex, the receptor and the ligand, exhibiting the following 1:1 binding interaction. Kon Kon Receptor + Ligand  Complex Ka= Koff Koff The Absolute free energy (G) for the complex, the receptor, and the ligand is computed in a classical manner as in EQ.1, G = H – T. S EQ.1 in which T is the temperature of the system at 300 K. The binding free energy (ΔG) of the complex system is computed as in EQ.2 ΔG = Gcomp – [ Grec + Glig ] EQ.2 ΔG = Δ H - TΔS The entropy term is a sum of translational, rotational and vibrational entropies and is disfavorable in total. 100 snapshots are extracted for the coordinates of the solute species (complex, receptor and ligand) within the last 10-20% of the trajectory. H and S terms are computed for each snapshots and averaged out of the 100 snapshots to constitute mean absolute H and mean absolute S terms.

31 MMPBSA cd mmpbsa mm_pbsa.pl coord.in/mmpbsa.in \ >& mmpbsa.out PREFIX anti-influenza PATH./ COMPLEX 1 RECEPTOR 1 LIGAND 1 COMPT /home_palamut1/cenk/tubitak/mmpbsa/com.prmtop RECPT /home_palamut1/cenk/tubitak/mmpbsa/com.prmtop LIGPT /home_palamut1/cenk/tubitak/mmpbsa/com.prmtop GC 1 AS 0 DC 0 MM 0 GB 0 PB 0 MS 0 NM BOX YES/NO  NTOTAL ?? (pdb dosyasında toplam atom sayısı)  NSTART ?? trajectoryde ilk snapshot  NSTOP ?? trajectory de son snapshot  NFREQ ?? aralık frekansı  NUMBER_LIG_GROUPS 1  LSTART 5750  LSTOP 5795  NUMBER_REC_GROUPS 1  RSTART 1  RSTOP 5749 TRAJECTORY SANDER /home_palamut1/software/tr-01-ulakbim/application/amber10/bin/sander NMODE /home_palamut1/software/tr-01-ulakbim/application/amber10/bin/ nmode AMBPDB /home_palamut1/software/tr-01-ulakbim/application/amber10/bin/ ambpdb MOLSURF /home_palamut1/software/tr-01-ulakbim/application/amber10/bin/molsurf AMBERHOME /home_palamut1/software/tr-01-ulakbim/application/amber10/

32 @GENERAL PREFIX anti-influeza PATH /home_palamut1/cenk/tubitak/mmpbsa COMPLEX 1 RECEPTOR 1 LIGAND 1 COMPT /home_palamut1/cenk/tubitak/prmtop/com_mmpbsa.prmtop RECPT /home_palamut1/cenk/tubitak/prmtop/rec_mmpbsa.prmtop LIGPT /home_palamut1/cenk/tubitak/prmtop/com_mmpbsa.prmtop GC 0 AS 0 DC 0 MM 1 GB 0 PB 1 MS 1 NM PROC 2 REFE 0 INDI 1.0 EXDI 80 SCALE 4 LINIT 1000 PRBRAD 1.4 ISTRNG 0 RADIOPT 0 NPOPT 1 CAVITY_SURFTEN CAVITY_OFFSET 0.00 SURFTEN SURFOFF DIELC PROBE DIELC 4 MAXCYC DRMS SANDER /home_palamut1/software/tr-01-ulakbim/application/amber10/bin/sander NMODE /home_palamut1/software/tr-01-ulakbim/application/amber10/bin/nmode AMBPDB /home_palamut1/software/tr-01-ulakbim/application/amber10/bin/ambpdb MOLSURF /home_palamut1/software/tr-01-ulakbim/application/amber10/bin/molsurf AMBERHOME /home_palamut1/software/tr-01-ulakbim/application/amber10/ mmpbsa.in

33

34 module load tr-01- ulakbim/application/gamess/intel- parallel rungms optimize 00 2


"AMBER WORKSHOP AMACI TR-GRID $AMBERHOME programları kullanılarak : 1) İlaç-reseptör etkileşimlerinin Autodock_vina ile incelenmesi 2) AMBER Molecular Mechanics." indir ppt

Benzer bir sunumlar


Google Reklamları