Sunum yükleniyor. Lütfen bekleyiniz

Sunum yükleniyor. Lütfen bekleyiniz

Ilıman İklim Meyve Türlerinde Çeşit ve Tiplerinin Moleküler Tekniklerle Karakterizasyonu Arzu SEZER Fındık Araştırma Enstitüsü Giresun.

Benzer bir sunumlar


... konulu sunumlar: "Ilıman İklim Meyve Türlerinde Çeşit ve Tiplerinin Moleküler Tekniklerle Karakterizasyonu Arzu SEZER Fındık Araştırma Enstitüsü Giresun."— Sunum transkripti:

1 Ilıman İklim Meyve Türlerinde Çeşit ve Tiplerinin Moleküler Tekniklerle Karakterizasyonu Arzu SEZER Fındık Araştırma Enstitüsü Giresun

2 Corvallis, OREGON ABD 28 Aralık Şubat 2008

3 Department of Horticulture Prof.Dr. Shawn MEHLENBACHER (Fındık Islah ve Genetiktisi)

4 National Clonal Germplasm Repository Dr. Nahla BASSIL (Moleküler Genetikçi))

5 OSU Fındık Islah Programı  Amaç: “Eastern filbert blight”’a dayanıklı çeşitler İç fındık market taleplerine uygun çeşitler  Kozalak akarına dayanıklılık  Orta büyüklük, yuvarlak şekil  Yüksek iç yüzdesi  Erken verime yatma ve yüksek verim  Kolay beyazlama özelliği  Az kusur (boş, küflü, ikiz vs.)  Erken olgunlaşma  Kendiliğinden dökülen meyve EFB’a dayanıklı süs bitkisi olarak çeşitler

6 OSU Fındık Islah Programı  Her yıl: 40 melezleme 100’er fidan (toplam 4000 adet/yıl)  7.yılda 20 adet ağaç  8.yılda en iyi seleksiyonlarla proses yeniden başlıyor.

7 OSU Fındık Islah Programı: 6 yeni çeşit 8 tozlayıcı 2 süs bitkisi

8 The National Clonal Germplasm Repository  Gen bankası Ilıman İklim Meyveleri Sert kabuklu Meyveler Diğer Ürünler

9 National Clonal Germplasm Repository İn vivo koleksiyon: 670 fındık ağacı 37 farklı ülkeden 355 çeşit 19 Corylus türü İn vitroda orta vadede saklama Cryopreservation ile uzun süreli saklama

10 Moleküler Yöntemler  Mikrosatellit DNA (SSR) markırları ABD fındık koleksiyonundaki bazı örneklerin parmakizi analizi  AFLP yöntemi Bazı böğürtlen çeşitlerinin karşılaştırılması

11 Moleküler Yöntemler (Moleküler Markırlar) Genetik Kaynak Yönetiminde  Çeşitlerin tanımlanması  Farklılıkların değerlendirilmesi  Duplikasyonların giderilmesi Islah Programlarında  MAS - Marker-assisted selection (Markır Destekli Seleksiyon)  Haritalama

12 Yöntem Seçimi A. DNA dizisi biliniyorsa SSRs (Simple Sequence Repeat Markers) Microsatellite Markers = Basit Dizi Tekrarları B. DNA dizisi hakkında bilgi yoksa RAPD (Random Amplified Polymorphic Markers) = Rastgele oligonükleotid primerleri ile çoğaltılmış polimorfik DNA AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphisms) =Çoğaltılmış parça uzunluğu polimorfizmi

13 (1) Örneklerin toplanması (2) DNA Ekstraksiyonu (3) PCR (4) Electrophoresis agarose gel elecrophoresis- capillary elecrophoresis (5) Marker Analizi Moleküler Analiz Basamakları

14 (1) Örneklerin toplanması

15 (2) DNA Ekstraksiyonu 1-Genç dokulardan 2-Puregene kit (Gentra Systems) protokol (2 x 96 örnek) 3-DNA konsantrasyonunun ölçümü ( VICTOR V multilabel plate reader (Perkin Elmer) 4-İstenen konsantrasyonun ayarlanması

16 Doku ezici Mixer Mill 301

17

18 3- PCR

19 DNA PCR için hedef bölge kromozom çekirdek Çift sarmal DNA molekülü nükleotidler

20 Kopyaların oluşması (extend primers) Kalıp DNA 5’ 3’ 5’ 3’ PCR ile DNA Çoğaltımı İplikciklerin ayrılması ( denaturasyon ) 5’ 3’ Primerlerin ilavesi (annealing)) 5’ 3’ 5’ Forward primer Reverse primer 32 döngüde 1.07 milyon kopya

21 PCR komponentleri Steril deionize su 10X PCR buffer dNTP mix Primer Taq DNA polymerase MgCl2 DNA

22 (4) Electrophoresis Agarose gel electrophoresis (Ethidium Bromidele boyama ve UV görüntüleme) Acrylamide gels (gümüş nitrat veya radyoizotop kullanarak) Otomatik sequencer’da capillary electrophoresis (floresan etiketli primerler kullanarak)

23

24 (5) Marker Analizi

25 CEQ™ 8000 Genetic Analysis System

26 Fluorescently labeled run on capillary DNA “Sequencer”

27 Fragment Analizi

28 Simple Sequence Repeats (SSRs) Mikrosatellitler? 1-6 bp nucleotid tekrarları (GAAG) 12.

29 SSRs-Mikrosatellitler AT bp AT bp AT 10 AT bp 248 bp

30 Primer3 kullanarak primer dizaynı Fragment analizi (floresan forward primerler kullanarak) Gradient PCR (T a ) Polymorpfizmin taranması (agarose) SSR Marker Geliştirme Microsatellit Belirleme (SSRIT, BLAST, …) Mikrosatellit kaynaklarının tespiti (kütüphaneler, GenBank)

31 A B İki SSR lokusuna göre iki çeşit arasındaki farklılığın fragment analizinde gözlenmesi

32 Genetik Parmakizi ÇeşitSSR Lokusu NameCA112CA169CA190 Atlantic142/148109/112/115/127240/243/246 Aurora142/144/146109/112/121240/243 Bluecrop142109/ Bluejay142/144/146/148115/121240/243/246 Blueray142/144/148109/112/115240/243/246 Bluetta142/144/146112/115/118/121240/246 Cabot142/144/149112/115/121/127240/243 Chandler142/144109/115/121/ Coville142109/112/115/121240/243/246 Draper142109/112/115240/243/246 Duke142/144112/115240/246

33

34 SSRs Avantajları: Ko-dominant ve locus-specific markırlar Yüksek oranda polimorfik Genomda bol sayıda ve rastgele dağılmışlardır Laboratuarlar arasında paylaşımı kolaydır Yüksek genotiping özelliği Dezavantajları: İlk Markır geliştirme pahalı ve çok zaman alıcıdır Taxa-spesifik

35 SSRs  Uygulama Çalışması

36 USDA National Clonal Germplasm Repository İn vivo koleksiyon: 670 fındık ağacı 37 farklı ülkeden 355 çeşit 19 Corylus türü İn vitroda orta vadede saklama Cryopreservation ile uzun süreli saklama

37 Yedek Corylus Koleksiyonu (Parlier, CALIFORNIA) ’de Parlier, California’da yedek Corylus koleksiyonu Koleksiyonu Eastern Filbert Blight (EFB)’a karşı korumak amacıyla 184 örnek

38 Problemler! Corvallis Ana Koleksiyon: Kendinden köklü ağaçlar Parlier Yedek Koleksiyon: Aşılı ağaçlar 29 yedek koleksiyon ağacı atipik veya karışık morfolojide

39 Amaç İki koleksiyondaki DNA’ların SSR’lar ile karşılaştırılması 12 SSR’lık parmakizi analiz setinin test edilmesi 29 örneğin tanımlanmasını güncellemek

40 PrimerMultiplexTagT a (°C)Size Range CAC-B0281 D CAC-A0401 D CAC-B6191 D CAT-B5011 D CAC-B6172 D CAC-B7532 D CAC-C0402 D CAC-B7762 D CAC-B6573 D CAC-C0283 D CAC-B6063 D CAC-B7193 D Fingerprinting Set

41 Genetik Parmakizi IDPrimer-B028Primer-B C258/274120/ P258/274120/ C260/272134/ P1260/272134/ P2266/272126/128

42 Cluster Analysis, PowerMarker Yanlış etiketlenmiş ağaçlar: ‘Tonda Bianca’ ‘Tombul Ghiaghli’ ‘Negret’

43 SSR Fingerprinting Panel Verifies Tree Identities in Backup USDA Hazelnut Genebank Nahla Bassil 1, J. Postman 1, K. Hummer 1, M. Botu 2 and A. Sezer 3 1 USDA-ARS, NCGR, Corvallis, OR 2 Fruit Growing Research & Extension Station, Valcea, ROMANIA 3 Hazelnut Research Institute, Giresun, TURKEY

44 RAPD (Random Amplified Polymorphic Markers) 10 bp’lık primerlerle PCR DNA İzolasyonu Agarose gelde ayrım UV transilluminator ile görüntüleme

45 RAPD Marker Avantajları Basit PCR Düşük Maliyet Universal primerler Dezavantajları Düşük tekrarlanabilirlik

46 AFLP Prosedür: - Restriksiyon-Digestion - Adaptor Ligation - Amplification - Electrophoresis

47 Restriksiyon-Digestion Adaptor Ligation Amplification Electrophoresis

48 AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphisms) =Çoğaltılmış parça uzunluğu polimorfizmi

49

50

51 AFLPs Örnek Source: Joel Davis R S R R R S S S R A8 Source: Joel Davis EFB R ile ilişkili olabilecek bir markır B1

52 AFLPs Avantajları Yüksek tekrarlanabilirlik Yüksek multiplekslik oranı Yüksek genotyping gücü Dezavantajları Yüksek kalitede DNA gerektirir Dominant marker

53 AFLPs  Uygulama Çalışması  NCGR’de mikroçoğaltım ile çoğaltılan bazı böğürtlen çeşitlerinde somoclonal varyasyon?

54  2 farklı ana bitki  Toplam 15 örnek  Varyasyon yok

55

56

57 TEŞEKKÜRLER


"Ilıman İklim Meyve Türlerinde Çeşit ve Tiplerinin Moleküler Tekniklerle Karakterizasyonu Arzu SEZER Fındık Araştırma Enstitüsü Giresun." indir ppt

Benzer bir sunumlar


Google Reklamları