Mutasyon Analizi İçin Moleküler Genetik Yöntemi: SSCP

... konulu sunumlar: "Mutasyon Analizi İçin Moleküler Genetik Yöntemi: SSCP"— Sunum transkripti:

1 Mutasyon Analizi İçin Moleküler Genetik Yöntemi: SSCP
Ayaz Najafov Boğaziçi Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik bölümü

2 Taslak Giriş Prensip Teknik Sonuçlar Tartışma

3 SSCP nedir? Single Strand Conformational Polymorphism
(Tek Zincir Konformasyon Polimorfizmi) İlk kez Orita et al. (1989) En basit ve en sık kullanılan mutasyon tespit yöntemi. Sensitivity 80-90%

4 Prensip

5 Teknik + Hasta genomik DNA’sı Bir eksonun PCR ürünü
2% agarose gel check 8% non-denaturing acrylamide:bisacrylamide (29:1) gels SSCP boyası: Formamide, EDTA, BPB, XC PCR ürünü + 16 saat oda sıcaklığında 10-15V/cm 0.6X TBE buffer Gümüş nitrat boyaması

6 Sonuçlar

7 Dezavantajlar Uzun fragmanlar tercih edilmiyor
Düşük pH tamponları (Kukita et al. 1997) RFLP-SSCP Tespit edilemeyen 10-20% Mutasyonu tanımlamak için dizi analizi gerektiriyor

8 Avantajlar Mutasyonların 80-90% tespit ediliyor Hızlı Kolay Ucuz
Tehlikeli: Radiyoaktif / Mutajen

9 Referanslar L. Davis, M. K. a. and J. Battey (1995). Basic Methods in Molecular Biology, McGraw-Hill Professional. Kukita, Y., T. Tahira, et al. (1997). "SSCP analysis of long DNA fragments in low pH gel." Hum Mutat 10(5):